沼气脱硫运行时，通常情况下，根据进入系统的硫磺负荷，在12-24小时后开启到离心机的进料流量。需要使装置溶液中的硫磺浓度达到0.4 wt%，硫浆中的硫磺浓度达到10wt%后，才可以开启到离心机的进料。
硫浆的样品应在硫浆泵的出口采集。这些样品中的硫磺含量决定何时开启离心机，硫浆添加的速率是多少，以及什么时候可以停止离心机。
在理想状态下，从离心机移除的硫磺应与系统生成的硫磺保持平衡。这会使硫浆中的硫磺含量稳定在10wt%。有些时候可以通过持续运行压滤机并控制添加到压滤机上的硫浆速率来稳定系统中的硫含量。如果由于较低的硫负荷无法达到上述要求，离心机可以间歇运行。通过控制离心机运行的频率和时间来达到一个稳定的硫磺含量。
化验室应定期测量溶液和硫浆的硫磺质量百分比wt%，但这要花费一些时间。一个更加快速并同样有效的方法是操作人员进行体积百分比vol%测试。操作人员用封瓶采集硫浆样品并将封瓶放置几分钟时间使硫磺沉降。如果硫磺在几分钟后没有沉降而是漂浮，则需要进行封瓶测试（参见分析化验手册）。操作人员需要观察并判断硫磺的体积百分比vol%。比如，如果采用瓶中一半是硫磺，一半是溶液，则其中含有50 vol %的硫磺。如果¾ 硫磺和 ¼ 溶液，则其中含有75 vol%的硫磺。
其中一个影响这个体积百分比vol%测试的因素是硫磺颗粒的尺寸。如果颗粒较小，则硫磺的沉降速度较慢。当沉降后，较小的颗粒会堆积地更为紧密，导致较低的硫磺体积百分比vol%。 如果硫磺颗粒较大，硫磺沉降速度较快，堆积后密度较小，导致较高的硫磺体积百分比vol%。
当硫磺硫浆浓度达到上限值75 vol%，便可以开启离心机，当硫浆浓度减低到下限值40 vol %则可以停止离心机。许多用户持续运行他们的离心机，调节添加到压滤机上的进料量来使硫磺硫浆的硫浓度维持在40-75 vol%。其他用户在日班运行压滤机，在夜班停止离心机。还要根据实际硫磺负荷和业主的偏好决定离心机是否开启。
对于硫磺颗粒较大的装置，可以在硫浆中硫浓度达到75vol%时开启离心机，在硫磺浓度降低到40vol%停止离心机。对于硫磺颗粒较小的装置，可以在硫浆中硫浓度达到25vol%时开启离心机，硫磺浓度降低到15vol%停止离心机。应该指出的是颗粒尺寸对于硫浆中硫的质量百分比wt%没有影响，它只会影响体积百分比vol%，因为硫磺在颗粒较小的情况下会堆积地更紧密。