近年来大中型沼气工程发展迅速，工艺技术日趋成熟，规模与数量逐步加大，应用于沼气工程的原料来源也越来越广，不仅包括农业有机废弃物，还包括工业的高浓度有机废水，但是在沼气工程建设当中尚存一些问题。如沼气工程的建设标准不齐全，工程质量参差不齐，沼气工程的专用设备和工装水平与发达国家有一定的差距，特别是已建的农业有机废弃物的沼气工程，由于各种原因某些沼气工程不能做到全年稳定运行。
同时，沼气的主要成分是甲烷，具有易燃、易爆等特点。在沼气供民用(集中供气、沼气锅炉、商业燃具)、发电、提纯压缩等应用过程中确保安全供气是非常必要的。